Radnja je smeštena 1949. godine, dve godine nakon događaja iz prethodnog filma. Kōichi Shikishima pokušava da živi miran život sa porodicom, ali se suočava sa novom katastrofom kada se potpuno regenerisani, veći i opasniji Godzilla vrati uz pojavu legendarnog čudovišta King Ghidoraha.